Функциональные части коллекций и экспозиций включают 2 дендрария, 2 демонстрационных участка, иридарий, розарий, пионарий, участок прибрежноводных культур, коллекционные участки. Основные коллекции сада: декоративные растения – около 500 видов и сортов, лекарственные растения – 50 видов, прибрежноводная растительность – 40 видов, 40 культиваров; древесно-кустарниковые растения – 220 видов, 50 культиваров. В коллекциях сада сохраняется 50 видов редких и исчезающих растений, из них 33 вида, включенных в Красную книгу РФ, в т.ч. 5 категории 1 (Е): виды, находящиеся под угрозой исчезновения. Проводятся научные исследования по теме «Проблемы интродукции растений и сохранения генофонда природной и культурной флоры». Студенты биологического факультета проходят в саду полевую практику и выполняют практические занятия по географии растений, ресурсоведению, местной флоре, морфологии и систематике растений, агрономии. Здесь проводятся общие и тематические экскурсии для школьников и студентов вузов, лицеев, колледжей Краснодара и Краснодарского края.

В настоящее время коллекция сада насчитывает более 2500 видов, форм, культиваров. Сад располагает богатой коллекцией туи (18 видов и садовых форм), можжевельника (16), кизильника (15), кипарисовика (12), ели (11), ивы (11), клена (9), дуба (9), сосны (8) и многих других. Коллекция ирисов насчитывает 60 сортов, пионов 3 вида и 62 сорта, георгин - 28 сортов. В искусственно созданных водоемах ботанического сада в теплое время года произрастают редкие виды водной растительности – кубышки, лотосы, кувшинки.